O Programa de Mestrado Profissional em Projetos Educacionais de Ciências (PPGPE/EEL-USP) é um Programa de Pós-Graduação stricto sensu, voltado ao desenvolvimento dos profissionais de ensino. Seu objetivo mais amplo é articular as relações entre o saber científico e seu ensino-aprendizagem, principalmente por meio de atividades de pesquisa aplicadas à prática profissional do educador.
O curso privilegia as práticas pedagógicas na Educação Básica e a atuação dos profissionais no âmbito das políticas públicas educacionais nomeadamente na gestão, planejamento e avaliação das escolas e sistemas de ensino. Para isso, está estruturado em duas áreas de concentração: Projetos Educacionais em Ciências e Políticas Públicas em Educação de Ciências.
O Programa está aberto a candidatos diplomados em curso de graduação que atendam às exigências das instituições de ensino (Art. 44, III, Lei nº 9.394/1996) e ao edital de seleção dos alunos. Especificamente, constituem seu público-alvo professores, gestores e outros profissionais da Educação Básica da rede pública e privada de ensino.
Ao final do curso, após o cumprimento das exigências do Programa, o aluno obterá o título de Mestre em Ciências.